| 立项时间 | 序号 | 实验区名称 | 负责人 | 所在学院、系 | ||
| 2007年 | 1 | 多学科交叉复合型拔尖人才培养模式创新实验区 | 陈 劲 | 竺可桢学院 | ||
| 2 | 综合性大学农学类复合型拔尖人才培养模式创新实验区 | 喻景权 | 农业与生物技术学院 | |||
| 3 | 工科大类平台人才培养模式创新实验区 | 陆国栋 | 本科生院 | |||
| 4 | 综合工程教育人才培养模式创新实验区 | 邹晓东 | 竺可桢学院 | |||
| 5 | 电气工程拔尖人才——“爱迪生”班培养模式创新实验区 | 韦 巍 | 电气工程学院 | |||
| 6 | 多层次机械工程人才培养模式创新实验区 | 唐任仲 | 机械工程学系 | |||
| 7 | 学研产相结合的信息工程复合型人才培养模式创新实验区 | 刘 旭 | 信息学部 | |||
| 8 | 国际化计算机人才培养模式创新实验区 | 陈 纯 | 计算机科学与技术学院 | |||
| 9 | 过程工程人才培养模式创新实验区 | 陈纪忠 | 化学工程与生物工程学系 | |||
| 10 | 土木工程创新设计实验班 | 俞亚南 | 建筑工程学院 | |||
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| 2008年 | 1 | 以国家人才培养基地为依托的复合型创新性“大中文”人才培养实验区 | 吴秀明 | 人文学院 | ||
| 2 | 工程型、国际化软件工程人才培养创新实验区 | 何钦铭 | 计算机科学与技术学院 | |||